Ker smo prešli v obdobje, ko imamo na razpolago veliko število različnih zdravil za zdravljenje MS, smo prešli tudi v obdobje, ko lahko zdravljenje v določeni meri prilagodimo tudi posameznemu bolniku in vsaj delno tudi njegovim željam.
To imenujemo tudi personaliziran pristop k zdravljenju. Pri izbiri zdravljenja je najprej zelo pomembno, kako aktivna je bolezen, na podlagi česar se odločimo, s kako agresivno terapijo začeti. Potem je zelo pomembno tudi, kakšna je oblika bolezni, saj je za zdravljenje primarno napredujoče oblike odobreno le eno zdravilo, za zdravljenje recidivno remitentne oblike pa večina zdravil.
Zelo pomembno je tudi, ali gre za načrtovano nosečnost in v kakšnem časovnem okvirju je le-ta načrtovana. Na izbiro zdravljenja vsaj delno vpliva tudi starost ob postavitvi diagnoze, saj se nekaterim zdravilom v višji starosti poskušamo izogniti, če je to možno. Vsaj delno pa je pri izbiri zdravila možno tudi upoštevati bolnikove želje glede prejemanja terapije (npr. izključna želja po prejemanju tablet ali samoinjiciranje zdravila) in pogostosti spremljanja laboratorijskih parametrov, saj imajo različna zdravila različne protokole spremljanja.